集装箱运输子系统集装箱运输的各个“基本要素”，以各种不同的方式组合起来，大致可以组成以下子系统：
(1)集装箱水路运输子系统
集装箱船舶、集装箱码头与集装箱货运站等基本要素，可组合成集装箱水路运输子系统。集装箱水路运输子系统完成集装箱的远洋运输、沿海运输和内河运输，是承担运量最大的一个子系统。集装箱水路运输子系统由集装箱航运系统和集装箱码头装卸系统两个次级系统组成。
(2)集装箱铁路运输子系统
集装箱铁路专用车、集装箱铁路办理站与铁路运输线等组成了集装箱铁路运输子系统。它是集装箱多式联运的重要组成部分。随着“陆桥运输”的起始与发展，集装箱铁路运输子系统在整个集装箱多式联运中起着越来越重要的作用。
(3)集装箱公路运输子系统
集装箱卡车、集装箱公路中转站与公路网络构成了集装箱公路运输子系统。集装箱公路运输子系统在集装箱多式联运过程中，完成短驳、串联和“末端运输”的任务。在不同国家和地区，由于地理环境、道路基础设施条件的不同，集装箱公路运输子系统处于不同的地位，发挥着不同的作用。
(4)集装箱航空运输子系统
在相当长一段时期内，由于航空运输价格昂贵、运量小，集装箱的航空运输占的份额很小。近年来，随着世界经济整体的增长，航空运输速度快、对需求响应及时、可缩短资金占用时间等优越性逐渐显现出来。航空集装箱运输子系统的地位正在逐渐提高。
